2016年12月5日,深港通正式开通。刘士余出席开通仪式并发表讲话,中国资本市场发展26年来的经验证明,只有坚定不移地扩大开放,才能保持中国资本市场的市场化、法治化、国际化的方向,才能真正提高中国资本市场对实体经济的服务能力,才能真正提升中国资本市场的国际竞争力。

刘士余上任之初就搁置了市场热议的注册制。2016年3月12日,刘士余上任后的首次公开讲话是在两会新闻发布会上,他表示,“注册制改革需要一个相当完善的法制环境,注册制是不可以单兵突进的。”他更提请全国人大,将注册制再延期两年。